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本會前身是「國立陽明醫學院校友總會」，成立於民國七十四年，在歷任會長與校友的努力下，組織頗具基礎。民國八十二年第六屆第二次幹事會議中，決議將校友會法制化，然囿於當時「人民團體法」之規定，為顧及開會地點與出席人數，故於該年十一月，以「台北市國立陽明醫學院校友會」之名立案。民國八十三年七月，本會母校改名為國立陽明大學，本會亦於民國八十四年五月，更名為「台北市國立陽明大學校友會」。民國九十七年十月二十六日正式成立「中華民國國立陽明大學校友總會」，並向內政部立案。